どうやら D言語で遊ぶために、ja_JP.euc-jp 環境から ja_JP.utf8 環境 にしたのが原因だったぽい。なんでそうなるのかは知らんが
alias firefox='LANG=ja_JP.euc-jp LC_ALL=ja_JP.euc-jp firefox'
とかやったら普通に日本語入力できるようになったのだからたぶんそんなことなのだと思う。
ちなみに FEP は SCIM-UIM の UIM-skk。SCIM-SKK はよくわからん挙動することがあったので使ってない。たぶん「無変換キー」をシフトキーとして使ってるからじゃないかなと思う。